SÉQUENCAGE À HAUT DÉBIT (NGS): ION PROTON

 

TECHNOLOGIE

Le système Ion Proton™ combine une technologie de séquençage à semi-conducteurs avec une biochimie qui traduit directement les informations chimiques en données digitales. The système offre une solution complète allant de l'échantillon à l'analyse, appel des variants ou analyse ARN compris. L'appareil est utilisé en combinaison avec l'Ion Chef™ qui permet d'automatiser la préparation des bibliothèques et du chargement de la puce pour les utilisateurs de tout niveau d'expérience.

L'Ion Proton™ génère des séquences de fragments allant jusqu'à 200 paires de bases et peut effectuer des runs par fragment, mate-pair ou paired-end pour toute une gamme d'applications : séquençage du transcriptome, RNA-Seq, Small RNA-Seq, séquençage cible d'ADN ou d'ARN, séquençage du génome ou de l'exome, et ChIP-Seq.

 

Ion Proton™ Workflow Automation

 

APPLICATIONS DU SÉQUENCAGE À HAUT DÉBIT: 

  • Séquençage du génome complet: reséquençage du génome compet et de génomes non caractérisés, utilisable pour la détection de SNPs, InDels et variations structurelles.
  • Séquençage de l'exome - idéal pour maladies mendéléennes et cancers.
  • Reséquençage ciblé - pour le séquençage de régions génomiques d'intérêt sur un grand nombre d'échantillons, idéal pour des études de population ou de maladies liées à la découverte de variants.
  • Séquençage du transcriptome - séquençage de l'ARN pour transcriptomes sans séquences de référence permettant la découverte de nouveaux transcripts et de sites d'épissage alternatifs.
  • RNA-Seq - séquençage en profondeur de l'ARNm pour l'expression et l'analyse de variants utile dans de nombreuses applications telles que l'identifiaction de transcript, l'analyse de sites d'épissage alternatifs et l'expression différentielle.
  • Séquençage de petits ARN - pour l'analyse de petits ARN permettant la détection de transcripts rares et de variants affectant des transcripts, la détermination des niveaux d'expression de miARN connus et la découverte de nouveaux miARN.
  • ChIP-Seq - combinaison d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) et de séquençage à haut débit utile dans la recherche des réseaux régulateurs de gènes, voies de signalisation et mécanismes épigénétiques dans des cellules vivantes.

CONDITIONS D'UTILISATION

Cet équipement UCLouvain a été financé avec le soutien de la Fondation belge contre le Cancer. La plate-forme est destinée à tous les membres de l'UCLouvain et des Cliniques Universitaires Saint-Luc. Il est également ouvert à d'autres équipes dans le contexte d'une collaboration. L'accès au séquenceur et d'autres équipements sur la plate-forme ne sont pas libres. Les utilisateurs peuvent fournir des échantillons d'ADN ou d'ARN pour une préparation complète par nos soins, y compris le contrôle qualité de chaque échantillon. Nous pouvons multiplexer plusieurs échantillons pour diminuer le coût. Les paramètres de run peuvent être ajustés en fonction des besoins de chaque utilisateur. La configuration détaillée des runs possibles et le coût par échantillon peuvent être obtenu chez la personne de contact ci-dessous. 

CONTACT ET INFORMATION                                           

Dr. Pascal Brouillard
Laboratoire de Génétique Moléculaire Humaine
Institut de Duve, 74 (5e étage)
Tel: 02 764 74 53 
Email : pascal.brouillard@uclouvain.be         

                                   

LIENS UTILES 

Manual guides